Помимо национальной команды Филимонов выступал в составе «Спартака», киевского «Динамо» и тульского «Арсенала». Вместе с «красно-белыми» вратарь шесть раз становился чемпионом России, а также выигрывал Кубок России.
«Участвовал ли я в договорных матчах? Да. Участвовал в такой игре, но денег за это не брал. Все, что касалось моей игры, — я действовал честно и выполнял как мог. Что мне будет, если сейчас расскажу об этом? Думаю, ничего. Просто остался бы осадок в отношении людей, которые играли в том матче. Возможно, кто-то из них тоже не брал деньги», — рассказал Филимонов в интервью YouTube-каналу «Ответь по-братски».
Свою футбольную карьеру голкипер завершил 27 мая 2018 года в возрасте 44-х лет, тогда Филимонов выступал за «Долгопрудный» в ПФЛ.